Hay distintas razones por la que es muy importante el marcaje de fauna salvaje.
La correcta identificación de las especies mediante el marcaje de fauna salvaje es importante tanto para la gestión de grupos como para la gestión de los individuos, tanto en cautiverio como en libertad.
Según dice Sánchez Belda, la identificación animal consiste en “la obtención y recogida de rasgos, signos y caracteres, naturales o impuestos en un animal para que una vez que sean puestos a disposición de una persona desconocedora de aquel sea capaz de diferenciarlo rápidamente dentro de un conjunto”.
La identificación precisa de las especies es fundamental en los programas de cría para evitar la hibridación, los animales híbridos pueden presentar complicaciones genéticas al nacer, tales como malformaciones, necesidades alimenticias únicas, inestabilidad de temperamento… incluso esterilidad.
El marcaje de fauna salvaje también es muy importante a la hora de conocer y determinar enfermedades, ya que estas pueden variar ampliamente entre las especies aparentemente similares, por ello el marcaje es un recurso vital a la hora de la investigación y el manejo de la enfermedad.
Todas las formas de identificación requieren un buen mantenimiento de los registros con el fin de que sean útiles.
Ningún método de identificación es ideal para todas las especies, individuos o circunstancias.
Una combinación de dos o más métodos de identificación es útil en muchos casos, por ejemplo, se pueden combinar marcas auriculares (de color fácilmente visible) con transpondedores implantados.
Hay que tener un especial cuidado con los animales recién nacidos, deben de ser marcados para su identificación tan pronto como sea posible, pero es importante tener en cuenta los efectos que puede tener la marca en el recién nacido y en el vínculo madre-hijo.